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张亚平课题组揭示犬传染性生殖器肿瘤染色体不稳定区域以及癌症易感性
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分类:  创建于:2023-12-12 被查看:968次
犬传染性生殖器肿瘤(Canine transmissible venereal tumors, CTVT)是目前全世界范围内仅有的3种哺乳动物传染性肿瘤之一,同时也是最古老的肿瘤细胞系。中国科学院昆明动物研究所张亚平团队与古脊椎动物与古人类研究所付巧妹团队前期研究发现CTVT作为肿瘤“活化石”,记录了从郊狼到北美土著家犬的古老渐渗(Wang et al., Cell Research, 2019),提示了该肿瘤基因组的复杂性。虽然早期罹患肿瘤动物(CTVT founder)的体细胞突变已被充分解析,但肿瘤基因组本身遗传变异特征仍鲜有研究。

为了进一步确认CTVT基因组遗传变异对肿瘤进展的影响,以及对于人类肿瘤学研究是否具有借鉴意义,中科院昆明动物所张亚平团队和王国栋团队开展合作,利用44个国家543个CTVT全基因组或外显子组公共数据,确认了中国南方CTVT属于早期肿瘤谱系,很可能是从俄罗斯-乌克兰地区传入。根据全球CTVT系统发育关系,分析出了CTVT的早期结构变异(structural variation,SVs)事件,并进一步结合三代转录组测序数据证实了由此产生的11个胚系基因融合(germline gene fusions,GGFs),其中包含1个复杂基因融合“Greedy Fusion”——HSD17B4-DMXL1-TNFAIP8。通过与33种人类肿瘤跨物种比较,发现了这些GGFs显示出更高的遗传易感性,并且在肿瘤退化期显示出下调特征,与DNA甲基化水平有关,突出了CTVT作为肿瘤模型的研究价值。

本研究于近日在线发表于国际期刊iScience,中国科学院昆明动物研究所周博闻博士和云南大学生态与环境学院吴青琴博士为共同第一作者;中国科学院昆明动物研究所张亚平研究员、王国栋研究员和柳延虎副研究员为共同通讯作者;四川大学华西医院和公安部昆明警犬基地等多个单位提供了协助。该项工作得到了国家重点研发计划、科技创新2030、昆明市春城计划、云南省基础研究计划、国家自然科学基金和中国科学院青年创新促进会等支持。

文章链接:https://www.cell.com/iscience/fulltext/S2589-0042(23)02508-7#secsectitle0020

前期工作:https://www.nature.com/articles/s41422-019-0183-2
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